Неправильно мыслишь
Доли надо было выделять пропорционально денежным средствам.
К примеру маткапиталом оплачено 10% стоимости жилья
Значит 10% делится на всех членов семьи по 2.5% каждому
Остальное делится по правилам ст. 36 СК РФ то есть совместно нажитое имущество.
Выделение по 25% каждому это бред.
Сейчас путь только пытаться оспорить соглашение, но это еще та задача, с учетом пропуска срока исковой давности. Не факт что получится, скорее всего нет, но видя соглашения точно не скажешь.