Автозапуск никогда не барахлил. Но иногда у него проявлялся некий глюк. Он появлялся при движении задом по снегу или грязи, когда колеса зарывались уже. Машина в этот момент может заглохнуть, а панель загорается всеми лампочками. В этот момент что-то делать бессмысленно. Можно вынимать ключ, вставлять, поворачивать его до упора, дергать ручник - все бесполезно. Даже щелчков нет, машина мертвая. Только лампочки горят. Через минуту все проходит, лампочки гаснут, машину снова можно заводить.
именно это симптом говорит о том что не верно работает контроль оборотов/работы двигателя. ( Я естественно сделал вывод на основании того о чем писал ТС. Сигналка никогда не допустит автозапуск, если не выполнен алгоритм его активации. Чаще всего это контроль оборотов (в момент выхода). Неверное получение сигнала с ручника (позитив/негатив ), теоретически возможно, но тогда глюки были бы с самого начала

Запуск двигателя может быть инициирован с брелка прямой командой либо по таймеру\времени, или от датчика температуры в машине.
о рассматривать нужно именно эти два устройства - брелок и цепь датчика темпеатуры.
если алгоритм остановки с автозапуском не выполнен он не произойдет полюбому. А если алгоритм выполнен - с неверным считыванием параметров, то запуск становиться возможным

Все о чем пишу, было проверено на практике на двух моих автомобилях сигналку с автозапуском на которые ставил самостоятельно.
На самом деле это оч подробно было описано в инструкции по установке - странно что вы это не прочли, но может сигналка не той системы, или инструкция?