В общем сам стройного объяснения придумать не могу. Чую, что не хватает знаний "низкоуровневых вещей".
Итак, имеем ноут. Обычный ASUS. На нем на одном и том же HDD стоит две ОС: Win7 HP x64 и Ubuntu 12.04LTS x64. Обе системы "проапдейтены до упора", для чистоты эксперимента вырублен антивирус под виндой (под linux антивирного монитора не стоит). Да, на диске имеется отдельный (не загрузочный) раздел в NTFS, в убунте маунтится при загрузке автоматом. В убунту установлен wine, под ним Far Manager. Ноут из-под обеих ОС смотрит в инет через wifi и дальше через domru.

Итак, эксперимент:
1. Грузимся в Win7, грузим Far, заходим на FTP (FTP физически в data-центре в Москве) и сливаем целиком папку (чуть больше 10мб по объему и чуть больше 1500 файлов) на тот самый раздел в NTFS. Всё прекрасно копируется за примерно 4:15-4:30.
2. Грузимся в Ubuntu, грузим Far (в wine, версия FAR и всех плагинов точно так же, что и под win7), заходим на тот же FTP, выбираем ту же папку (10+мб, 1500+файлов) и сливаем на тот же раздел. То есть "всё одинаково кроме ос". Но сливается не более чем за 2:30, то есть почти вдвое быстрее.

Кто-нидь может объяснить почему ubuntu настолько резвее?